Promover la enseñanza experimental de Biología y ciencias afines; generar investigación científica básica y aplicada sobre el origen, distribución, composición, interacciones, evolución, conservación, uso y manejo sostenible de la biodiversidad nacional, en beneficio de la sociedad, a través del desarrollo de programas de investigación, y la formación de talento humano altamente calificado.

Ser la unidad multidisciplinaria, reconocida y de trascendencia docente e investigativa en el campo de las Ciencias Biológicas, en el estudio de la diversidad biológica nacional y sus hábitats, en Ecuador y América Latina.