Tiene como misión el ejecutar tanto las políticas de los posgrados de investigación, como las políticas de innovación, articulando el grado y posgrado en procesos de calidad y pertinencia para el desarrollo del país.

La Dirección de Doctorados e Innovación, DDI, gestiona programas de protección de la propiedad intelectual, impulsa diferentes modos de generación y transferencia de conocimiento y tecnología; promueve el desarrollo de tecnologías sur-sur; y apoya propuestas de invenciones y patentes